「最後の決戦！聖、究極進化」
脚本:大和屋暁 演出:園田誠 作監:清山滋崇
必死の抗戦もむなしく、倉田は次元振動爆弾でエルドラディモン自体を人間界へ送り込んでしまった。これは倉田の筋書き通りのようだ。転送された先は横浜港だった。取り乱すデジモンたちを、バロモンは落ち着かせる。ギズモンの攻撃は、ミラージュガオガモンとロゼモンが守った。デジモンたちは、救世主の息子に望みをつなぐ。
大とイクトも、ヤタガラモンで人間界へ着く。コウキが追ってきたので、イクトをエルドラディモンの方へ行かせて大が応戦する。コウキは強くなっていた。ハイパーバイオエクストラ・エボリューションで究極体・バイオダークドラモンに進化し、アグモンもシャイングレイモンに進化する。
ロゼモンとミラージュガオガモンは善戦し、勇気づけられたゴツモンたちもトリックオアトリートでギズモンを倒す。
シャイングレイモンの足止めも、ロゼモンたちの防戦も、倉田の筋書き通りだ。倉田は、作戦を第２段階に移す。ニュースでは「我々を脅かす怪物の群れを、倉田博士の開発した新兵器が我々を守るために交戦中」と、倉田に都合のいいアナウンス（レポーター:世戸さおりさん）が流され、指名手配中の美樹と恵は苦い思い。大門家でも同じニュースを見ている、大は無事だろうか。
大が戦うのは横浜の街なかで、バイオダークドラモンはビルを盾にとり、シャイングレイモンは防戦に専念せざるを得ない。
ロゼモンとミラージュガオガモンは戦い続けるが、船に積まれた大砲が４本こちらに向いている。デジタルハザードシステム作動、メルドラディモンの４本の足が大砲からの赤い光に捕まれてしまっている。それを見に行ったバロモンが、ギズモンに撃たれてしまう。今度は飛行機で何か長いものが運ばれてくる。ギズモジャベリン、結合開始。無数のギズモンが空に集結するので、ロゼモンは船の方、ミラージュガオガモンはギズモンの方と手分けしていく。
やられっぱなしの大は、コウキに空のギズモンのことを知らされる。対エルドラディモン用決戦兵器「ギズモジャベリン」が、ギズモンを集めて完成しつつある。だがシャイングレイモンはここでは必殺技を使えない。だが全く諦めない大のデジヴァイスが光り、シャイングレイモンは新たな力を感じ、地面からジオグレイ・ソードを引き抜く。これなら街を巻き込まないで済むとわかり、ついにバイオダークドラモンを貫き、コウキとデジタマに戻した。
しかし倉田は顔色一つ変えず、ギズモジャベリンをエルドラディモンの真上に移送する。ギズモジャベリン降下。デジモンたちは逃げ出し、エルドラディモンは無残にも貫通され、エネルギーは回収された。倉田の作戦は、最終段階だ。
結局助けられなかった。だが大は、まだあきらめるな、聖なる都のデジモンたちを守ろうと、みんなを勇気づける。飛び立つ大たち。だが、トーマとミラージュガオガモンは黒服の男に声をかけられ、ついてこなかった。大は、ヘリコプターに乗っていくトーマとガオモンを目撃する。
