＜２００１年春 東映アニメフェア＞
ある小学生のパソコンに１通のメールが届き、クラゲのようなものが画面に現れる。京はお台場中学の制服を試着し文句を言っている。炬燵でパソコンをしている姉弟のもとにおねしょした太一の画像が送られる。剣道の稽古、伊織が胴で一本取る、面一辺倒だったのに腕を上げたようだ。パソコンしている母子のもとにヤマトと空のデートの画像が届き、画面からクラゲのような生き物が出てくる（ヤマトファンの間で、スタジャンにハイネックのシャツのコーディネートはあり得ないだろと不評だったと記憶しています）。幼稚園児たちの間であのクラゲの生き物はすでに話題になっており、大輔はサッカーの練習へ急ぐ。オープニングはまたボレロです。
お台場中学校パソコン部部室に、光子郎から全員へ招集がかかる。しかし「デジデジ」「モンモン」といういかにもな合言葉、光子郎が考えたのだろうか。ペットボトルがすでに２本空だ、集中するのに飲んでしまうのが光子郎の癖なのだろうか。来ていないのはミミ（今帰国の飛行機の上、納豆を所望、飛行機のモニターに何気にクラモンが映っている）、丈（時刻は１７時３５分、高校の入学手続きでトラブっている。合格者名は八神太一・石田ヤマト・八神太一・石田ヤマト・・・）、空（テニス部の合宿で新潟県津南町《つなんまち》にいる）は未到着だ。
用件は、太一とヤマトたちの画像がネットでばら撒かれ、どうやらディアボロモンの仕業のようだということ。３年前倒したはずなのに、生き延びたデータが増殖し、さらにクラモンをメールを使って現実世界に送り込んでいること。ウォーゲームの時も子供の遊びのような感覚だったが、悪い意味で頭がずっと良くなったようだ。クラモンを送り込むマザーを見つけて倒そうという太一とヤマト。オメガモンが適任とし、他はクラモンの回収に回るよう指示する光子郎。今回も、作戦参謀は光子郎、実働部隊が太一とヤマトという体制だ。もちろん大輔も戦いたいのだが、太一にクラモンをまかされがっかり。
デイリースーパー、どう見ても鮪の切身が「近海産最高品 石田ヤマト ９８０円 賞味期限０３．３．２５ 大泉フーズ」、青魚が「お買い得ご奉仕品 八神太一 ３８０円 賞味期限０３．３．２５ 大泉フーズ」、株式市場も太一とヤマトの表示ばかり（「城戸丈」だったら私は買うね）。ジョグレスパートナーがペアになり、クラモンを見つけ回収しD-３で光子郎に送るため街へ出る。ゆりかもめに乗ったヒカリと京が一匹回収し、光子郎がパソコンのゴミ箱へ入れる。この時光子郎は３本目を飲んでいる。大輔と賢も１匹回収し、光子郎の指示で（大輔が使っているジュンに借りた携帯には、ヤマトのストラップが・・・シュウ兄さんに鞍替えしたんじゃなかったの？？）渋谷へ向かう。お台場から水上バスで出たタケルと伊織は、サッカー場でクラモンを回収。クラモンだから送信できるが、進化して容量が増えたら無理だ。ペットボトルは５本。都内各所の描写が盛り込まれ、リアルで好きだ。
夕暮れ、山手線で渋谷へ向かう大輔と賢。乗客の携帯からクラモンが出て、いつもはデリカシーのない大輔もマナー違反に怒る。狙いはオメガモンのはずなのに、なぜクラモンを送り込むのが止まらない？ペットボトルは７本。書いてて私まで飲みたくなっちゃう。つい進化して攻撃してしまうブイモンだが、クラモンは進化しなかったと光子郎は賢に報告を受ける。合体して進化するために幼年期で温存していたのだろうか。
マザーまで近づいた太一はクラモンに無視されるのを気にするが、俺たちはマザーをやればいいと冷静なヤマト。入口に入り、オメガモンに進化する。出た！オメガモンの勇姿。あれがディアボロモンだな。
渋谷のハチ公の上にクラモンが。JR渋谷駅ビルには、AiMさんの「フレンド」の看板が何気に・・。賢はクラモンを追うが、大輔はビルのモニターに映し出された無数のクラモンに囲まれるオメガモンを見る。オメガモンはガルルキャノンを放つ。ペットボトルは１０本。テントモンから、タケルとヒカリが援護に向かうとの連絡が入る。（タケルが「お兄ちゃん」でなく「兄さん」とヤマトを呼んで、成長の証と多くのファンは受け取った。）日本中で、世界中で、オメガモンの戦いに子供たちは夢中だ。ヒカリが行ったと聞いて、クラモンの回収に専念をと言われたのに大輔は行きたい一心。ディアボロモンの爆撃をかわすエンジェモンとエンジェウーモン。大輔は街の人に頭を下げノートパソコンを借り、京にゲートを開けてもらう。それが後で大変なことになるとも知らず。エンジェモンとエンジェウーモンがディアボロモンを取り押さえ、オメガモンがグレイソードとガルルキャノンでとどめをさす。だが嫌な感じがして、無数のクラモンはたくさんのゲートから出ていき、ゲートは切断されてしまう。
出ていったクラモンたちは、現実世界に一斉に現れたのだ。それで大輔の借りたパソコンもゲートが閉じてしまう。街にクラモンがあふれかえり、光子郎はディアボロモンの罠と気付くが遅かった。時刻は１１時１７分、大輔が頼んで、京は「クラモンに告ぐ！東京湾にて待て 選ばれし子供たち」と告知をする。街中では戦えないとの大輔の判断だったが、移動手段でもあるブイモンとワームモンがクラモンの群れに東京湾へと押し流され行ってしまう（＾＾；）電車は運行を停止してしまった。
パソコン部室に着いたミミは、大歓迎をされずにご機嫌ななめ。自分が倒されてもクラモンたちに後を託せるように保険をかけていた、京の開けたゲートで大量のクラモンが生き延びた、現実世界に送られたら手の打ちようがないという光子郎に、ミミも事の重大さを受け止める。伊織、京はお台場へ走る。空は、東京駅のホームから動けない。街は停電する。しかし、大勢の子供たちが、行楽気分で東京湾を目指す。
渋谷区東３丁目、渋滞でタクシーも使えない。大輔と賢は東京湾の様子を京に聞くと、クラモンがうようよいて進化が始まり、上空で大きなデジタマになった。デジタマが孵る前に、と走る大輔と賢。しかし、デジタマは孵って、膨大なデータ量の巨大な６本足のサソリのようなデジモン（アーマゲモン）が出てくる。そこに光線が閃き、オメガモンが到着する（どうやってゲートから出たのかな？エンジェウーモンが大丈夫ってヒカリに言ってたから、ホーリーリングで何とかしたのかな？）。台場に放り出される太一とヤマト。その知らせを京から聞く大輔だが、走るのが少々しんどくなり、賢に「それじゃ僕からボールは奪えないぜ」と言われてしまう。賢ちゃんはカイザーをやめた後成績が落ちたはずだけど、スポーツは大丈夫だったのかな、それとも努力して元に戻ったのかな。
オメガモンはガルルキャノンを何発もお見舞いするが、アーマゲモンのアルティメットフレアの直撃を受ける。
間に合うのか心配する大輔は、どんなひどい状況もばかみたいにむちゃくちゃなパワーで乗り越えただろとほめているようないないような言い方を賢にされる。そこへ！丈先輩登場！！そのセリフと動作の全てが誠実だけどドジでかわいくて面白くて、最高ですvvここぞという時にやはり丈先輩なのよね。自転車を調達してもらった二人。
アルティメットフレアをかわしグレイソードを刺しながら口の中へガルルキャノンを放つオメガモンだが、激闘むなしく致命傷を負ってしまう。オメガモンの敗北に、テントモンはしっかりというがみんなはショックを隠し切れない。机に置ききれなくなったのか、ゴミ箱にもペットボトルが２本。ようやく着いた大輔と賢も、オメガモンの敗北を目の当たりにする。行かなくちゃ。人混みをかき分け、ブイモンとワームモンの名を叫ぶと、人々は道を開けてくれた。人々の応援を背にパイルドラモンからインペリアルドラモンに究極進化する。やったー！太一とヤマトの上を飛ぶインペリアルドラモンは、選ばれし子供の世代交代を象徴するシーンだ。めげる二人に、空が声をかける（どっちかっていうと太空じゃね？）。
インペリアルドラモンは苦戦しファイターモードに変化し、ギガデスを発射するが、アーマゲモンのアルティメットフレアと相討ちになる。到着する丈と自転車の少女。最後まであきらめない、と決意する大輔と賢。オメガモンはみんなの力を大輔と賢に託し、ホーリーリングが白い剣・オメガブレードに変わる。それを手にしたインペリアルドラモンは、パラディンモードに変化し（美しい！）オメガブレードでアーマゲモンを一撃し倒す。
ところが、アーマゲモンはクラモンに分裂し始める。伊織はクラモンをみんなの携帯で回収することを思いつく（この辺は知識の紋章を受け継ぐ者として一番の見せ場ですな）。なぜか笛の音とブルースハープの音が聞こえる。伊織は「皆さんの光を剣に集中させてください」と呼びかける。クラモンは回収され、危機は回避された。もう朝だ。
エンディング→パソコンの前で寝ている光子郎と、その上に本を積むミミ。トイレには行かずに済んだのか気になる（笑）。苦笑するタケルとヒカリ、パタモンとテイルモン。パソコンをする京に寄り掛かって寝るホークモンと伊織、アルマジモン。あくびするヤマトと太一と腕を組む空、あくびするガブモンとアグモン。少女に自転車を返し見送る丈。映像特典にあるように、確かに彼女の出番多いです。丈ファンの間では、これをきっかけに交際するのではともっぱらの噂に。ぐったり眠る賢とワームモン、大輔とブイモン。お台場、路面電車と桜のもとに集まるみんな。パソコン画面でゴミ箱へ入るクラモン。
<キャスト＞本宮大輔:木内レイコ ブイモン:野田順子 井ノ上京:夏樹リオ ホークモン:遠近孝一 火田伊織・ウパモン:浦和めぐみ 八神ヒカリ:荒木香恵 テイルモン:徳光由香 高石タケル:山本泰輔 パタモン:松本美和 一乗寺賢:朴璐美 ワームモン:高橋直純 泉光子郎:天神有海 テントモン:櫻井孝宏 石田ヤマト:風間勇刀 ガブモン:山口眞弓 太刀川ミミ:前田愛 竹ノ内空:水谷優子 城戸丈:菊池正美 アグモン:坂本千夏 八神太一:藤田淑子
<スタッフ>制作:高岩淡（東映）、迫○（すみません変換できません）（東映アニメーション）、山下秀樹（集英社）、宮内正喜（フジテレビジョン）、柴崎誠（バンダイ） 原案:本郷あきよし 企画:櫻田博之 監督:今村隆寛 脚本:吉田玲子
キャラクターデザイン：中鶴勝祥（ジャケットには中澤一登とありますが誤植では？）総作画監督:中澤一登・亀井幹太 音楽:有澤孝紀
